El planeta natal de los Vega se ha vuelto inestable debido a la explotación del Vegatron, un poderoso mineral radiactivo. En su afán por expandir su imperio militarista y encontrar un planeta alternativo donde asentarse, el despiadado Rey Vega despliega sus ejercitos, compuestos por platillos voladores y gigantescos monstruos roboticos, y dirige su ataque primero contra mundos vecinos como Fleed, un lugar altamente avanzado pero pacifico. La otrora verde e idilica Fleed se convierte en un paramo radiactivo. Demasiado tarde, el unico sobreviviente conocido de la familia real, el principe heredero Duke Fleed, consigue robar el Grendizer, la encarnacion robotica del Dios de la Guerra de Fleed, de los invasores de Vega, quienes planeaban utilizarlo para liderar su flota de invasion. Grendizer es un robot colosal que se integra con el Spacer (Spaizer), un platillo volante que le permite volar.Huyendo del espacio de los Vega a velocidad superior a la de la luz, el principe entra en el sistema solar y desvia su rumbo hacia la Tierra, aterrizando forzosamente en Japon, en las laderas del Monte Fuji. Alli es acogido por el Doctor Umon, un destacado cientifico que dirige un laboratorio de investigacion llamado el Laboratorio de Ciencias Espaciales, situado cerca de un pequeño rancho. El bondadoso Umon adopta al joven alienigena humanoide como su hijo, bajo el nombre falso de Daisuke, y lo ayuda a ocultar el Grendizer. Adoptando el nombre de Daisuke Umon, Duke Fleed trabaja en el rancho gestionado por Danbei Makiba (inspirado en Abashiri Daemon, del manga Abashiri Ikka de Go Nagai).Aproximadamente dos años despues, Koji Kabuto, tras completar sus estudios en el extranjero, regresa a Japon en un platillo volante que el mismo diseño y construyo, al que llama TFO. Se dirige al Laboratorio de Ciencias Espaciales tras escuchar multiples avistamientos de "platillos volantes". Su intencion es contactar con los alienigenas y hacer las paces con ellos si es posible. Sin embargo, Daisuke se muestra esceptico y teme que esos alienigenas, los habitantes de Vega liderados por los generales Blaki y Gandal, esten preparando un ataque a la Tierra. Koji ignora sus advertencias y vuela para encontrarse con los platillos entrantes, solo para descubrir la terrible verdad. Para salvar a Koji y proteger su mundo adoptivo de la destruccion, Daisuke se ve obligado a revelar su verdadera identidad como Duke Fleed. Desentierra el Grendizer de su escondite bajo el laboratorio y parte a enfrentarse a sus enemigos.Los habitantes de Vega establecen una base en el lado oculto de la Luna y comienzan a lanzar ataques contra la Tierra desde alli. Koji descubre la verdadera identidad de Duke Fleed, y su inicial rivalidad se transforma pronto en amistad. Hikaru, la hija de Danbei Makiba, tambien descubre el secreto de Daisuke y decide convertirse en piloto para ayudarle, a pesar de su reticenci...
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