Yaiba y Onimaru ya se han declarado rivales, no solo en kendo, sino en su trayectoria vital. A medida que avanza en sus técnicas de esgrima, Onimaru se va convirtiendo en lo mismo que su enemigo. Onimaru odia a Yaiba más que a nadie, y le envía a varios sicarios infernales con la orden de matarle. Así aparece el hombre-babosa, Den-Chan, versiones de Batman, vampiros... Yaiba y Sayaka, ve cómo su grupo va aumentando al unírsele compañeros inauditos...
Onimaru cuenta con un aliado excepcional, el famoso científico profesor Kanabo, quien le ayuda a mejorar las propiedades de la fortaleza y construir nuevas y mortíferas armas... Mientras tanto, Yaiba y los suyos emprenden la busqueda por todo el pais de unas misteriosas bolas magicas, cada una de ellas con una propiedad especifica, y que, una vez reunidas, le ayudaran a resucitar al legendario dragon rojo... Pero para ello tienen que enfrentarse a un monje, a un ninja, a una estrella de mar...
Kojiro, el samurái legendario, resucita con su maravillosa espada, la Monohoshizao, capaz de crecer y encogerse a voluntad. Kojiro se une al grupo de Yaiba, motivado por su antigua rivalidad con Musashi. Onimaru les cita a combatir en un estadio de beisbol al mismo tiempo que se celebra la final de liga entre los equipos de Onimaru y de Tokio... El demonio del viento sgiue enviando a sus servidores, como Mr. Onix, para que luchen contra Yaiba. Otro peligro inminente es que Yaiba, a medida que domina mas su espada, va adquiriendo rasgos demoniacos, igual que le sucedio a Onimaru. Por fin, Yaiba y sus amigos consiguen introducirse en la fortaleza de Onimaru, aunque este apresa a Sayaka y a sus amigos y los mantien como rehenes para atraer a Yaiba...
De pronto, aparece en Japón una isteriosa y amenazadora piámide con unos habitantes aún más extraños y francamente hostiles. Yaiba, aconsejado por su nueva amiga Esmeralda, quien le promete su apoyo en todo momento, se introduce en ella para llegar a la cima y detener una espantosa máquina que hundirá Japón bajo el mar. Dentro le esperan enemigos la mar de curiosos y trampas increíbles creadas por unos misteriosos seres que habitan en el subsuelo. El peor trago es descubrir que Esmeralda no es lo que parece... Afortunadamente, la espada invencible de Yaiba entra en escena.
