Su producción científica no se ha considerado literaria, por lo que solo se publica una parte de la obra de Pérez de Moya. Estos dos volúmenes incluyen aquellas obras que pueden considerarse literarias: Comparaciones o similes para los vicios y virtudes, y la Philosophia secreta. Ambas obras tienen sentido de conjunto por la forma en que el autor articula un doble discurso paralelo entre el plano real y la imagen con la que explica esa realidad, aunque difieren en el tipo de materias que tratan: en la primera de ellas explica la doctrina moral mediante imagenes tomadas de la vida real (ejemplos), mientras que en la Philosophia secreta utiliza el procedimiento al reves, las fabulas mitologicas (plano imaginario) encierran varios significados sobre la interpretacion de la realidad (plano real).
El libro más importante de este conjunto es la Arithmética práctica y especulativa (1562), cuyo éxito como manual de aritmética en lengua vulgar se extendió hasta finales del siglo XVIII y es obra de referencia obligatoria para los estudiosos de la ciencia española del siglo XVI. De entre las obras no literarias de este autor, las dedicadas a las matematicas, son las maximas responsables de su prestigio y de su fama postuma, como atestiguan los elogios del Brocense o la cita que Lope de Vega le dedica como cientifico digno de elogio. En la Varia historia de sanctas e illustres mugeres penso en un grupo muy concreto de destinatarios. Se trata de una obra que entra a formar parte del amplio programa de adoctrinamiento femenino del humanismo renacentista europeo y centra su interes en las obligaciones de la mujer casada, a quien los humanistas consideran soporte basico de la institucion familiar.
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